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Auteur Michael P. Nobis |
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Affiner la rechercheEcological Indicator Values for Europe (EIVE) 1.0 / Jurgen Dengler in Vegetation Classification and Survey, 4 (2023)
Titre : Ecological Indicator Values for Europe (EIVE) 1.0 Type de document : Imprimé Auteurs : Jurgen Dengler ; Florian Jansen ; Olha Chusova ; Elisabeth Hüllbusch ; Michael P. Nobis ; Koenraad Van Meerbeek ; Irena Axmanová ; Hans Henrik Kehlet Bruun ; Milan Chytrý (1967-) ; Riccardo Guarino ; Gerhard Karrer ; Karlien Moeys ; Thomas Raus ; Manuel Jonas Steinbauer ; Lubomír Tichý ; Torbjörn Tyler ; Ketevan Batsatsashvili ; Claudia Biţa-Nicolae ; Yakiv Didukh ; Martin Diekmann ; Thorsten Englisch ; Eduardo Fernández-Pascual ; Dieter Frank ; Ulrich-Hans Graf ; Michal Hájek (1974-) ; Sven D. Jelaska ; Borja Jiménez-Alfaro ; Philippe Julve (1954-) ; Giorgi Nakhutsrishvili ; Wim A. Ozinga ; Eszter Ruprecht ; Urban Silc ; Jean-Paul Theurillat ; François Gillet (1959-) Année de publication : 2023 Article en page(s) : 7-29 Langues : Anglais (eng) Catégories : [CBNPMP-Thématique] Indicateur biologique Résumé : Aims: To develop a consistent ecological indicator value system for Europe for five of the main plant niche dimensions: soil moisture (M), soil nitrogen (N), soil reaction (R), light (L) and temperature (T). Study area: Europe (and closely adjacent regions). Methods: We identified 31 indicator value systems for vascular plants in Europe that contained assessments on at least one of the five aforementioned niche dimensions. We rescaled the indicator values of each dimension to a continuous scale, in which 0 represents the minimum and 10 the maximum value present in Europe. Taxon names were harmonised to the Euro+Med Plantbase. For each of the five dimensions, we calculated European values for niche position and niche width by combining the values from the individual EIV systems. Using T values as an example, we externally validated our European indicator values against the median of bioclimatic conditions for global occurrence data of the taxa. Results: In total, we derived European indicator values of niche position and niche width for 14,835 taxa (14,714 for M, 13,748 for N, 14,254 for R, 14,054 for L, 14,496 for T). Relating the obtained values for temperature niche position to the bioclimatic data of species yielded a higher correlation than any of the original EIV systems (r = 0.859). The database: The newly developed Ecological Indicator Values for Europe (EIVE) 1.0, together with all source systems, is available in a flexible, harmonised open access database. Conclusions: EIVE is the most comprehensive ecological indicator value system for European vascular plants to date. The uniform interval scales for niche position and niche width provide new possibilities for ecological and macroecological analyses of vegetation patterns. The developed workflow and documentation will facilitate the future release of updated and expanded versions of EIVE, which may for example include the addition of further taxonomic groups, additional niche dimensions, external validation or regionalisation. Identifiant : DOI : 10.3897/VCS.98324 Permalink : https://biblio.cbnpmp.fr/index.php?lvl=notice_display&id=155708
in Vegetation Classification and Survey > 4 (2023) . - 7-29Dengler, Jurgen, Jansen, Florian, Chusova, Olha, Hüllbusch, Elisabeth, Nobis, Michael P., Van Meerbeek, Koenraad, Axmanová, Irena, Kehlet Bruun, Hans Henrik, Chytrý, Milan (1967-), Guarino, Riccardo, Karrer, Gerhard, Moeys, Karlien, Raus, Thomas, Steinbauer, Manuel Jonas, Tichý, Lubomír, Tyler, Torbjörn, Batsatsashvili, Ketevan, Biţa-Nicolae, Claudia, Didukh, Yakiv, Diekmann, Martin, Englisch, Thorsten, Fernández-Pascual, Eduardo, Frank, Dieter, Graf, Ulrich-Hans, Hájek, Michal (1974-), Jelaska, Sven D., Jiménez-Alfaro, Borja, Julve, Philippe (1954-), Nakhutsrishvili, Giorgi, Ozinga, Wim A., Ruprecht, Eszter, Silc, Urban, Theurillat, Jean-Paul, Gillet, François (1959-) 2023 Ecological Indicator Values for Europe (EIVE) 1.0. Vegetation Classification and Survey, 4: 7-29.Documents numériques
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article (2023)Adobe Acrobat PDFEcological Indicator Values of Europe (EIVE) 1.0: a powerful open-access tool for vegetation scientists / Jurgen Dengler (2016)
Titre : Ecological Indicator Values of Europe (EIVE) 1.0: a powerful open-access tool for vegetation scientists Type de document : Numérique Auteurs : Jurgen Dengler ; Elisabeth Hüllbusch ; Claudia Biţa-Nicolae ; Milan Chytrý (1967-) ; Yakiv Didukh ; Martin Diekmann ; Hartmut Dierschke (1937-) ; Thorsten Englisch ; Nikolai Ermakov ; Heike Feldhaar ; Anna Maria Fosaa ; Dieter Frank ; François Gillet (1959-) ; Riccardo Guarino ; Stephan Hennekens ; Mark O. Hill (1945-) ; Sven D. Jelaska ; Borja Jiménez-Alfaro ; Philippe Julve (1954-) ; Zygmunt Kącki ; Gerhard Karrer ; Michael P. Nobis ; Wim A. Ozinga ; Sandro Pignatti (1930-) ; Thomas Raus ; Marcela Řezníčková ; Eszter Ruprecht ; Urban Silc ; Manuel Jonas Steinbauer ; Jean-Paul Theurillat ; Lubomír Tichý ; Florian Jansen Editeur : European vegetation survey Année de publication : 2016 Importance : 13 p. Note générale : 25th Meeting of the European Vegetation Survey (EVS), 6-9 April 2016, Rome Langues : Anglais (eng) Catégories : [CBNPMP-Thématique] Indicateur biologique
[CBNPMP-Thématique] Flore
[CBNPMP-Géographique] EuropeRésumé : Objectifs: Comme il n’existait pas de système EIV disponible à l’échelle européenne pouvant être utilisé pour des analyses à grande échelle, par exemple dans le contexte des Archives européennes de la végétation (EVA), nous développons un tel système pour la première fois pour les plantes vasculaires d’Europe. Lieu : Europe. Méthodes: Nous avons compilé tous les systèmes EIV nationaux et régionaux et harmonisé leur nomenclature végétale avec une épine dorsale taxonomique européenne contemporaine nouvellement développée (EuroSL 1.0). À l’aide de la régression, nous avons redimensionné les systèmes EIV individuels pour les principaux paramètres à des échelles quasi-métriques à l’échelle du continent, allant de 1 à 99. Les données de chaque système individuel ont ensuite été traduites en une courbe de probabilité approchée avec une distribution normale, pondérée avec le logarithme de l’aire représentée et additionnée à travers les systèmes. De la courbe de densité européenne, nous avons extrait une moyenne et une variance, qui caractérisent la distribution de cette espèce le long de ce gradient écologique particulier. Résultats et conclusions : Notre approche consensuelle consistant à intégrer les connaissances spécialisées de tous les systèmes EIV existants a permis de dériver la première description cohérente du comportement écologique d’une partie importante de la flore vasculaire européenne. Les valeurs indicatrices écologiques de l’Europe (EIVE) 1.0 qui en résulteront seront publiées en libre accès pour permettre la bioindication au-delà des frontières nationales. Les futures versions d’EIVE pourraient contenir davantage de paramètres, de plantes non vasculaires et de régionalisation ou pourraient être réajustées et étendues à des espèces jusqu’ici non couvertes grâce à des données de cooccurrence de l’EVA.
Identifiant : DOI : 10.13140/RG.2.2.11842.20161 Permalink : https://biblio.cbnpmp.fr/index.php?lvl=notice_display&id=148657 Dengler, Jurgen, Hüllbusch, Elisabeth, Biţa-Nicolae, Claudia, Chytrý, Milan (1967-), Didukh, Yakiv, Diekmann, Martin, Dierschke, Hartmut (1937-), Englisch, Thorsten, Ermakov, Nikolai, Feldhaar, Heike, Fosaa, Anna Maria, Frank, Dieter, Gillet, François (1959-), Guarino, Riccardo, Hennekens, Stephan, Hill, Mark O. (1945-), Jelaska, Sven D., Jiménez-Alfaro, Borja, Julve, Philippe (1954-), Kącki, Zygmunt, Karrer, Gerhard, Nobis, Michael P., Ozinga, Wim A., Pignatti, Sandro (1930-), Raus, Thomas, Řezníčková, Marcela, Ruprecht, Eszter, Silc, Urban, Steinbauer, Manuel Jonas, Theurillat, Jean-Paul, Tichý, Lubomír, Jansen, Florian , 2016. Ecological Indicator Values of Europe (EIVE) 1.0: a powerful open-access tool for vegetation scientists. European vegetation survey, [S.l.]. 13 pp.Documents numériques
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Présentation (2016)Adobe Acrobat PDF
Titre : Ellenberg-type indicator values for European vascular plant species Type de document : Numérique Auteurs : Lubomír Tichý ; Irena Axmanová ; Jurgen Dengler ; Riccardo Guarino ; Florian Jansen ; Gabriele Midolo ; Michael P. Nobis ; Koenraad Van Meerbeek ; Svetlana Acic ; Fabio Attorre ; Erwin Bergmeier ; Idoia Biurrun ; Gianmaria Bonari ; Helge Bruelheide ; Juan Antonio Campos ; Andraz Carni ; Alessandro Chiarucci ; Mirjana Ćuk ; Renata Ćušterevska ; Yakiv Didukh ; Daniel Dítě ; Zuzana Dítě ; Tetiana Dziuba ; Giuliano Fanelli ; Eduardo Fernández-Pascual ; Emmanuel Garbolino ; Rosario G. Gavilán ; Jean-Claude Gégout ; Ulrich-Hans Graf ; Behlül Güler ; Michal Hájek (1974-) ; Stephan Hennekens ; Ute Jandt ; Anni Jašková ; Borja Jiménez-Alfaro ; Philippe Julve (1954-) ; Stephan Kambach ; Dirk Nikolaus Karger ; Gerhard Karrer ; Ali Kavgaci ; Ilona Knollova ; Anna kuzemko ; Filip Küzmič ; Flavia Landucci ; Attila Lengyel ; Jonathan Lenoir ; Marceno Corrado ; Jesper Erenskjold Moeslund ; Pavel Novák ; Aaron Pérez-Haase ; Tomáš Peterka ; Remigiusz Pielech ; Sandro Pignatti (1930-) ; Valerijus Rašomavičius ; Solvita Rusina ; Arne Saatkamp ; Urban Silc ; Zeljko Skvorc ; Jean-Paul Theurillat ; Thomas Wohlgemuth ; Milan Chytrý (1967-) Année de publication : 2023 Article en page(s) : e13168 Langues : Anglais (eng) Catégories : [CBNPMP-Thématique] Indicateur biologique Résumé : Aims
Ellenberg-type indicator values are expert-based rankings of plant species according to their ecological optima on main environmental gradients. Here we extend the indicator-value system proposed by Heinz Ellenberg and co-authors for Central Europe by incorporating other systems of Ellenberg-type indicator values (i.e., those using scales compatible with Ellenberg values) developed for other European regions. Our aim is to create a harmonized data set of Ellenberg-type indicator values applicable at the European scale.
Methods
We collected European data sets of indicator values for vascular plants and selected 13 data sets that used the nine-, ten- or twelve-degree scales defined by Ellenberg for light, temperature, moisture, reaction, nutrients and salinity. We compared these values with the original Ellenberg values and used those that showed consistent trends in regression slope and coefficient of determination. We calculated the average value for each combination of species and indicator values from these data sets. Based on species’ co-occurrences in European vegetation plots, we also calculated new values for species that were not assigned an indicator value.
Results
We provide a new data set of Ellenberg-type indicator values for 8908 European vascular plant species (8168 for light, 7400 for temperature, 8030 for moisture, 7282 for reaction, 7193 for nutrients, and 7507 for salinity), of which 398 species have been newly assigned to at least one indicator value.
Conclusions
The newly introduced indicator values are compatible with the original Ellenberg values. They can be used for large-scale studies of the European flora and vegetation or for gap-filling in regional data sets. The European indicator values and the original and taxonomically harmonized regional data sets of Ellenberg-type indicator values are available in the Supporting Information and the Zenodo repository.Identifiant : DOI : 10.1111/jvs.13168 Permalink : https://biblio.cbnpmp.fr/index.php?lvl=notice_display&id=155707
in Journal of vegetation science > 34 (2023) . - e13168Tichý, Lubomír, Axmanová, Irena, Dengler, Jurgen, Guarino, Riccardo, Jansen, Florian, Midolo, Gabriele, Nobis, Michael P., Van Meerbeek, Koenraad, Acic, Svetlana, Attorre, Fabio, Bergmeier, Erwin, Biurrun, Idoia, Bonari, Gianmaria, Bruelheide, Helge, Campos, Juan Antonio, Carni, Andraz, Chiarucci, Alessandro, Ćuk, Mirjana, Ćušterevska, Renata, Didukh, Yakiv, Dítě, Daniel, Dítě, Zuzana, Dziuba, Tetiana, Fanelli, Giuliano, Fernández-Pascual, Eduardo, Garbolino, Emmanuel, Gavilán, Rosario G., Gégout, Jean-Claude, Graf, Ulrich-Hans, Güler, Behlül, Hájek, Michal (1974-), Hennekens, Stephan, Jandt, Ute, Jašková, Anni, Jiménez-Alfaro, Borja, Julve, Philippe (1954-), Kambach, Stephan, Karger, Dirk Nikolaus, Karrer, Gerhard, Kavgaci, Ali, Knollova, Ilona, kuzemko, Anna, Küzmič, Filip, Landucci, Flavia, Lengyel, Attila, Lenoir, Jonathan, Corrado, Marceno, Moeslund, Jesper Erenskjold, Novák, Pavel, Pérez-Haase, Aaron, Peterka, Tomáš, Pielech, Remigiusz, Pignatti, Sandro (1930-), Rašomavičius, Valerijus, Rusina, Solvita, Saatkamp, Arne, Silc, Urban, Skvorc, Zeljko, Theurillat, Jean-Paul, Wohlgemuth, Thomas, Chytrý, Milan (1967-) 2023 Ellenberg-type indicator values for European vascular plant species. Journal of vegetation science, 34: e13168.Documents numériques
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article (2023)URLFlora indicativa : Ökologische Zeigerwerte und biologische Kennzeichen zur Flora der Schweiz und der Alpen = ecological indicator values and biological attributes of the flora of Switzerland and the Alps / Elias Landolt (2010)
Titre : Flora indicativa : Ökologische Zeigerwerte und biologische Kennzeichen zur Flora der Schweiz und der Alpen = ecological indicator values and biological attributes of the flora of Switzerland and the Alps Type de document : Imprimé Auteurs : Elias Landolt (1926-2013) ; Beat Bäumler ; Andreas Erhardt ; Otto Hegg ; Frank Klötzli ; Walter Lämmler ; Michael P. Nobis ; Katrin Rudmann-Maurer ; Fritz Hans Schweingruber (1936-2020) ; Jean-Paul Theurillat ; Edwin Urmi ; Mathias Vust ; Thomas Wohlgemuth Editeur : Genève, : Conservatoire et jardin botaniques de la ville de Genève, Haupt Verlag Année de publication : 2010 Importance : 378 p. ISBN/ISSN/EAN : 978-3-258-07461-0 Langues : Allemand (ger) Catégories : [CBNPMP-Thématique] Flore Permalink : https://biblio.cbnpmp.fr/index.php?lvl=notice_display&id=82633 Landolt, Elias (1926-2013), Bäumler, Beat, Erhardt, Andreas, Hegg, Otto, Klötzli, Frank, Lämmler, Walter, Nobis, Michael P., Rudmann-Maurer, Katrin, Schweingruber, Fritz Hans (1936-2020), Theurillat, Jean-Paul, Urmi, Edwin, Vust, Mathias, Wohlgemuth, Thomas , 2010. Flora indicativa : Ökologische Zeigerwerte und biologische Kennzeichen zur Flora der Schweiz und der Alpen = ecological indicator values and biological attributes of the flora of Switzerland and the Alps. Conservatoire et jardin botaniques de la ville de Genève, Haupt Verlag, Genève,. 378 pp.Exemplaires (1)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 25661 1080 LAN Livre Bureaux Natura 2000 Consultable
Titre : Overcoming limitations of modelling rare species by using ensembles of smallmodels Type de document : Imprimé Auteurs : Frank T. Breiner ; Antoine Guisan (1966-) ; Ariel Bergamini ; Michael P. Nobis Année de publication : 2015 Langues : Anglais (eng) Catégories : [CBNPMP-Thématique] Messicole Note de contenu : 1- Species distribution models (SDMs) have become a standard tool in ecology and applied conservation biology. Modelling rare and threatened species is particularly important for conservation purposes. However, modelling rare species is difficult because the combination of few occurrences and many predictor variables easily leads to model overfitting. A new strategy using ensembles of small models was recently developed in an attempt to overcome this limitation of rare species modelling and has been tested successfully for only a single species so far. Here, we aim to test the approach more comprehensively on a large number of species including a transferability assessment. 2- For each species, numerous small (here bivariate) models were calibrated, evaluated and averaged to an ensemble weighted by AUC scores. These ‘ensembles of small models’ (ESMs) were compared to standard SDMs using three commonly used modelling techniques (GLM, GBM and Maxent) and their ensemble prediction. We tested 107 rare and under-sampled plant species of conservation concern in Switzerland. 3- We show that ESMs performed significantly better than standard SDMs. The rarer the species, the more pronounced the effects were. ESMs were also superior to standard SDMs and their ensemble when they were evaluated using a transferability assessment. 4- By averaging simple small models to an ensemble, ESMs avoid overfitting without losing explanatory power through reducing the number of predictor variables. They further improve the reliability of species distribution models, especially for rare species, and thus help to overcome limitations of modelling rare species.
Identifiant : DOI : 10.1111/2041-210X.12403 Permalink : https://biblio.cbnpmp.fr/index.php?lvl=notice_display&id=148446
in Methods in ecology and evolution > 6 (2015)Breiner, Frank T., Guisan, Antoine (1966-), Bergamini, Ariel, Nobis, Michael P. 2015 Overcoming limitations of modelling rare species by using ensembles of smallmodels. Methods in ecology and evolution, 6.Documents numériques
Article (2015)URL
